Vấn đề tự chủ trong các tổ chức sự nghiệp công lập nói chung và tổ chức khoa học và công nghệ công lập nói riêng đã được đề cập nhiều trong thời gian vừa qua, mới đây nhất là Nghị định 60. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, Nghị định đã phát sinh những bất cập như chưa áp dụng cơ chế tiền lương mới và tính đủ chi phí vào giá dịch vụ.
Nghịch lý đang tồn tại hiện này là dù nhiều hợp đồng đã được ký giữa doanh nghiệp, trường đại học và viện nghiên cứu nhưng không thể triển khai trong thực tế vì có sự khác biệt quá lớn trong hệ thống pháp luật, thiếu đồng bộ giữa Luật Khoa học và công nghệ, Luật Giáo dục đại học, Luật Công chức, viên chức, Luật quản lý và sử dụng tài sản công, Luật Sở hữu trí tuệ, Luật Doanh nghiệp và Luật Đầu tư.
Vì vậy những vướng mắc về quyền tài sản, xử lý tài sản hình thành từ nhiệm vụ khoa học và công nghệ, định giá kết quả nghiên cứu, tài sản trí tuệ, phạm vi áp dụng kết quả; phân chia lợi nhuận thu được từ thương mại hoá; Cơ chế thành lập doanh nghiệp khởi nguồn spin off trên cơ sở kêt quả nghiên cứu của các đơn vị sự nghiệp công lập; Cơ chế góp vốn và tổ chức hoạt động của các doanh nghiệp khởi nguồn từ viện nghiên cứu, trường đại học chưa được tháo gỡ.
Hiện Bộ Tài chính đang đề xuất trình Chính phủ tháo gỡ vướng mắc trong Nghị định 60 giúp các đơn vị sự nghiệp công lập và Viện nghiên cứu tự chủ tài chính, tạo điều kiện cho các đơn vị có điều kiện chi trả thu nhập tăng thêm cho người lao động.
Bên cạnh đó, cũng rất cần có cơ chế cho phép các viện nghiên cứu, trường đại học có quyền sở hữu các tài sản trí thức được tạo ra bởi nghiên cứu do Nhà nước tài trợ, quản lý một cách thích hợp việc thương mại hóa các tài sản đó và giữ lại doanh thu từ việc thương mại hóa; lồng ghép sự phát triển hợp tác giữa trường đại học và doanh nghiệp. Hy vọng với những cơ chế chính sách đột phá và kinh nghiệm quốc tế sẽ khơi thông được thị trường KH&CN sẽ thúc đẩy phát triển khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo để tạo bứt phá về năng suất, chất lượng, hiệu quả và sức cạnh tranh của nền kinh tế.
