Một trong những nguyên nhân khiến giá phân bón sản xuất trong nước cao là do phân bón không tính thuế VAT nên toàn bộ chi phí phát sinh về thuế VAT được tính vào chi phí sản xuất. Mới đây, Bộ Tài chính đã đề xuất dự thảo Luật Thuế giá trị gia tăng để giải quyết tình trạng này.